Com relação aos doutorados interinstitucionais a Unemat tem dois doutorados em andamento. O primeiro é uma Cooperação em Ecologia e Recursos Naturais numa parceria com a UFSCar, que está em fase final com 25 matriculados em Cáceres, e ainda o Dinter em Linguística realizado em parceria com a Universidade Estadual de Campinas (Unicamp) com 20 matriculados também em Cáceres.

Além disso, foram aprovados pela CAPES outros quatro doutorados. O primeiro que está com as inscrições abertas é em Educação a ser realizado no campus de Sinop em parceria com a Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) que estará qualificando 18 profissionais das seguintes instituições: Unemat, UFMT, Centro de Formação e Atualização de Professores (Cefapro SE/MT) e Centro Estadual de Educação Profissional e Tecnológica (Ceprotec – MT). As inscrições para o doutorado podem ser feitas no período de 04 a 25 de setembro.

 A previsão é que ainda neste ano sejam divulgados os editais de seleção dos doutorados em Geografia a ser realizado com a Universidade Federal Fluminense (UFF) em Cáceres, em Zootecnia em parceria com a Universidade Estadual de Maringá (UEM) em Pontes e Lacerda e em Engenharia Elétrica com a Universidade Estadual de São Paulo, campus Ilha Solteira, a ser realizado em Barra do Bugres.